Landsbyen er nævnt første gang 1397.

Sognekirken er formentlig opført i samme århundrede, men synes først at være omtalt i bevarede dokumenter 1524, da den bidrog med 10 mark til landehjælpen.

I fortegnelsen er kirken oplistet under Åsum Herred, og hvis oplysningen er korrekt, blev sognet lagt under Bjerge Herred senere i århundredet.

Sognet er formentlig anneks til Marslev allerede i middelalderen, om end den klareste indikation på dette stammer fra 1540, da man ved kongebrev inkorporerede "de to Kronens Kirker, Marsløf og Birckende" i Odenses nyetablerede Gråbrødre Hospital, som hererfter skulle lade kirkerne betjene af en duelig kapellan.

Formelt set var Birkende i kongens eje indtil den 1665 blev erhvervet af Bjørn Kaas til Vejrupgård. Han solgte 1667 herregården med dens tilliggender videre til Hans Schrøder (von Løwenheim), og denne slægt ejede kirken helt frem til 1912, da kirken overgik til selveje.