Marslev er nævnt første gang 1339, da biskop Peder af Odense fastslog, at beboerne i torpen Rågelund skulle søge nabokirken i Åsum frem for Marslev.

I forbindelse med den administrative nyordning efter reformationen besluttede Christian III 1540, at Marslev og Birkende skulle 'annekteres og inkorporeres i' i Gråbrødre Klosters hospital, således at indtægterne kunne komme hospitalet til gode, mens hospitalet fremover skulle forsyne kirkerne med en duelig kapellan.

Kirken tilhørte kronen indtil 1665, da Bjørn Kaas til Vejrupgård erhvervede patronatretten til Marslev og Birkende med kirke- og kongetiender. 1667 tilskødede han herregård og kirker til Hans Schrøder (von Løwenhielm). Marslev forblev i denne families eje indtil overgangen til selveje 1909. Denne overgang var i øvrigt ikke gnidningsfri, eftersom menighedsrådet - forgæves - nægtede at modtage kirken, fordi det ikke fandt, at den kunne drives forsvarligt for de tillagte midler.